整个粉状有机肥生产工艺流程可以简单分为前处理、一次发酵、后处理三个过程。
1.前处理：堆肥原料运到堆场后，经磅秤称量后，送到混合搅拌装置，与厂内生产、生活有机废水混合，加入复合菌，并按原料成分粗调堆肥料水分、碳氮比，混合后进入下一工序。
2.一次发酵：将混合好后的原料用装载机送入一次发酵池，堆成发酵堆，采用风机从发酵池底部往上强制通风，进行供氧，同时2天左右进行翻堆，并补充水分（主要以厂内生产、生活有机废水为主）和养分，控制发酵温度在500 C～650C，进行有氧发酵，本工程一次发酵周期为8天，每天进一池原料出一池半成品，发酵好的半成品出料后，准备进入下一工序。
3.后处理：进一步对堆肥成品进行筛分，筛下物根据水分含量高低分别进行处理。筛下物造粒后，送入由沼气池沼气供热的烘干机，进行烘于，按比例添加中微量元素后搅拌混合后制成成品，进行分装，入库待售。筛上物返回粉碎工序进行回用。
综上所述，整个工艺流程具体包括新鲜作物秸秆物理脱水→干原料破碎→分筛→混合（菌种+鲜畜禽粪便+粉碎的农作物秸秆按比例混合）→堆腐发酵→温度变化观测→鼓风、翻堆→水分控制→分筛→成品→包装→入库。